പയ്യന്നൂർ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി ക്ഷേത്ര ആരാധനാ മഹോത്സവം (വൃശ്ചിക സംക്രമം മുതൽ പതിനാല് ദിവസം വരെ നീണ്ടുനിൽക്കുന്നതാണ് ആരാധനാ ഉത്സവം )തുടങ്ങിയതോടെ പയ്യന്നൂരിലെ  കളിയാട്ടക്കാവുകൾക്ക് ഇനി വിശ്രമം ( നാരങ്ങാത്തോട് -പുന്നക്കടവ്- ചങ്കൂരിച്ചാൽ - പെരുമ്പ[ചതുർഘടി] ഇതിനകത്ത് കോഴിയറവ് - കൗളാ ചാരം നിഷിദ്ധം)    ഓരോ ഊർക്കോവിലകത്തും (ഓരോ നാടിനും കേന്ദ്രമായി നിലകൊള്ളുന്ന പ്രധാന ക്ഷേത്രം) ഏതേതു കാവുകളിലാണ് തെയ്യം തുടങ്ങേണ്ടത് എന്നുള്ളതിനു നിശ്ചിത ക്രമങ്ങളുണ്ട്. പയ്യന്നൂർ ഊർക്കോവിലകത്ത് പയ്യന്നൂർ ശ്രീ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിൽ നവംബർ 16 ന് ആരംഭിച്ച് നവംബർ 30 വരെ നീണ്ടു നിൽക്കുന്ന ആരാധനാ മഹോത്സവം കഴിഞ്ഞാലുടനെ ഡിസംബർ മൂന്നിന് പയ്യന്നൂർ കൊക്കാനിശ്ശേരി കണ്ടമ്പത്തു ദേവസ്ഥാനത്താണ് തെയ്യം ആരംഭിക്കുന്നതോടെയാണ് വീണ്ടും പയ്യന്നൂർ ദേശത്തെ കളിയാട്ടക്കാവ് സജീവമാകുന്നത്.

തമിഴ് നാട്ടിലെ പഴനി, കർണാടകയിലെ സുബ്രഹ്മണ്യം കേരളത്തിലെ പയ്യന്നൂർ എന്നീ ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒരു ദിവസമാണ് പ്രതിഷ്ഠ നടന്നത് എന്നു പറയപ്പെടുന്നു. പരശുരാമനാണ് പയ്യന്നൂരിൽ പ്രതിഷ്ഠിച്ചത് എന്നാണ് വിശ്വാസം  പരശുരാമനാണ് പയ്യന്നൂരിൽ പ്രതിഷ്ഠിച്ചത് എന്നാണ് വിശ്വാസം കണ്ണൂർ ജില്ലയിലുള്ള ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്‍റെ ഗോപുരവാതിൽ കടന്ന് അകത്തെത്തിയാൽ ആദ്യം ഇടത് വശത്തായി ഒരിക്കലും കായ്ക്കാത്ത ഇലഞ്ഞിമര തറയിൽ ഭൂതത്താറീശ്വരനെ തൊഴുത് ദുർഗാ ഭഗവതിയെ (കന്യാഭഗവതി) വലിയമ്പലത്തിൽ പ്രവേശിക്കണം. വാതിൽ കടക്കുമ്പോൾ ഇടത് വശത്ത് പരശുരാമനെ തൊഴണം (പ്രതിഷ്ഠയില്ല, സങ്കൽപമാണ്, നേദ്യം ഉണ്ട്). പിന്നെ നടയിൽ ചെന്ന് സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമി ദർശനം പ്രദക്ഷിണം ചെയ്ത് പുറത്ത് വന്ന് സ്വയം ഭൂവായ ശാസ്താവ് ഗണപതി എന്നീ ഉപദേവന്മാരെ തൊഴുതു പടിഞ്ഞാറ് ക്ഷേത്രപാലകനെയും കൂടത്തറയിൽ  നാഗത്തെയും തൊഴുത് കന്യാഭഗവതയെ തൊഴുത് നടയിലെത്തി തൊഴുത് പുറത്ത് കടക്കാം. ഇതാണ് ഇവിടത്തെ ആചാരം. 

ക്ഷേത്രത്തിന് മുന്നിലായി ഒന്നര ഏക്കറോളം വലിപ്പമുള്ള ചിറയുണ്ട് (കുളം) ക്ഷേത്രം മൂന്നര ഏക്കർ സ്ഥലത്താണ് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. ആറടി പൊക്കമുള്ള കൃഷ്ണ ശിലയിൽ തീർത്ത സുബ്രഹ്മണ്യന്‍റെ പൂർണമായ വിഗ്രഹം പോലെ ഉള്ള വിഗ്രഹം കേരളത്തിൽ അപൂർവ്വമാണ്. നിന്നുകൊണ്ടാണ് ഇവിടെ പൂജകൾ നടത്തുന്നത്. 

കൊടിമരമോ  കൊടിയേറ്റമോ കരിമരുന്ന് പ്രയോഗമോ ഇവിടെ ഇല്ല. സദ്യയ്ക്ക് പപ്പടവും ഇല്ല. ഗണപതിഹോമം ഇല്ല്യ നിത്യ നവകം ആണ് പതിവ്. രാവിലെ നാലിന് നട തുറക്കും പീഠ ശുദ്ധിക്കും അഭിഷേകവും കഴിഞ്ഞ് മലർ നിവേദിക്കും. മലര്, തേങ്ങാ, ശർക്കരയും ത്രിമധുരവുമാണ് വിഭവം പിന്നെ നേത്രപൂജ, വെള്ള നിവേദ്യവും നെയ്പായസവും ആണ് നിവേദ്യം. തുടർന്ന് വെള്ള നിവേദ്യത്തോടെ ഉഷ പൂജയും, ഉഷ ശീവേലിയും കഴിഞ്ഞ് പന്തീരടി പൂജ. ഇതിനും വെള്ള നിവേദ്യമാണ്. പിന്നെ നവകവും ഉച്ചപൂജയും, പാൽപായസവും വെള്ള നിവേദ്യവും ആണ് ഇതിന്. അത് കഴിഞ്ഞ് ശീവേലിയും. 12 മണിയോടെ ക്ഷേത്രം അടയ്ക്കും. ശ്രീകോവിൽ നട അടയ്ക്കുകയില്ല.വൈകിട്ട് 5.30ന് നട തുറക്കും. സന്ധ്യവേല കഴിഞ്ഞ് എട്ടുമണിയോടെ തിരുവത്താഴ പൂജ. വെള്ള നിവേദ്യം നെയ്യപ്പം സഹിതമാണ്. തുടർന്ന് ദീപാരാധനയും ശീവേലിയും. 9 ന് നട അടയ്ക്കും. 

പരശുരാമനാണ് പയ്യന്നൂർ സുബ്രഹ്മണ്യ സ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത്. ബ്രഹ്മാണ്ഡ പരാണത്തിൽ ഗർഗ്ഗമുനി വനവാസക്കാലത്ത് പാണ്ഡവരോട് കേരളത്തെ പറ്റി പറയുമ്പോൾ, ഈ ക്ഷേത്രത്തെയും പയ്യന്നൂരിനെയും കുറിച്ച് സൂചിപ്പിക്കുന്നുണ്ട്.

പയ്യന്നൂരിന്‍റെ ചരിത്രവുമായി ഈ ക്ഷേത്രം ഏറെ ബന്ധപ്പെട്ടു കിടക്കുന്നു. പയ്യന്‍റെ ഊര് എന്ന അർത്ഥത്തിലാണ് നഗരത്തിനു ഈ പേരു വന്നത്. സുബ്രഹ്മണ്യനെ പയ്യൻ എന്നും വിശേഷിപ്പിക്കാറുണ്ട്

ക്ഷേത്രം രണ്ട് പ്രാവശ്യം നശിപ്പിക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്, ഒരിക്കൽ അഗ്നി ബാധ മൂലവും മറ്റൊരിക്കൽ ടിപ്പുസുൽത്താന്റെ ആക്രമണത്തിലും. ഇന്ന് കാണുന്ന തരത്തിൽ ക്ഷേത്രം പുനരുധീകരിച്ചത് കൊല്ലവർഷം 965-ലാണ്.

പന്ത്രണ്ടടി ഉയരമുള്ള ചുറ്റുമതിൽ ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്‍റെ പ്രത്യേകതയാണ്, ചുറ്റുമതിലിനകതായി മൂന്നേറോളം വിസ്തൃതിയിൽ ക്ഷേത്രം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. രണ്ടുനിലകളുള്ള ശ്രീകോവിൽ ഗജപൃഷ്ഠമാതൃകയിലാണ് നിർമിച്ചിരിക്കുന്നത്. പ്രധാനമൂർത്തിയായ സുബ്രഹ്മണ്യൻ താരകാസുരനെ നിഗ്രഹിച്ചശേഷമുള്ള ഭാവത്തിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി കുടിയിരുത്തപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. ആറടി ഉയരമുണ്ട് ഈ വിഗ്രഹത്തിന്. സുബ്രഹ്മണ്യനെ കൂടാതെ ഗണപതി,ഭൂതത്താർ, ഭഗവതി, ശാസ്താവ്,പരശുരാമൻ എന്നി ദേവതകളെയും ഇവിടെ ആരാധിക്കുന്നു. ക്ഷേത്രസമീപത്തുതന്നെ ഒരു സർപ്പക്കാവുമുണ്ട്.നാലമ്പലത്തിനു മുമ്പിൽ കൊടിമരത്തിന്റെ സ്ഥാനത്ത് കന്യാഭഗവതി കുടിയിരിക്കുന്നു. കേരളത്തിലെ മറ്റ് ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ നിന്നും ഇത് ഒരു പ്രത്യേകതയാണ്. മറ്റോരു പ്രത്യേകത ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ നിർമ്മിതിയിൽ കരിങ്കല്ല് വളരെ കുറച്ച് മാത്രമേ ഉപയോഗിച്ചിട്ടുള്ളു എന്നതാണ്. ഈ പ്രദേശത്ത് ലഭ്യമായ ഉറപ്പുള്ള വെട്ടുകല്ലാണ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ നിർമ്മിതിയിൽ പ്രധാനം. ക്ഷേത്രത്തിനു പുറത്ത് മുൻ വശത്തായി വിശാലമായ ക്ഷേത്രക്കുളം ഉണ്ട്. വെട്ടുകല്ലിൽ പടുത്ത് ഈ കുളം ഇതരദേശക്കാർക്ക് ഒരു ദൃശ്യം തന്നെ ആണ്.

കാവിവസ്ത്രം ധരിച്ച സന്യാസിമാർക്കും ഉപനയനമുള്ള ക്ഷത്രിയർക്കുംക്ഷേത്രത്തിനകത്ത് പ്രവേശനമില്ല. ഇവിടെ കൊടിമരമോ കൊടിയേറ്റമോ ഇല്ല എന്നതും ശ്രദ്ധേയമാണ്. ക്ഷേത്രാങ്ങനതിലുള്ളഇലഞ്ഞി മരം എല്ലായ്പ്പോഴും പൂക്കാരുന്റെങ്കിലും ഒരിക്കലും കായ്ക്കാറില്ല.
 ഐതിഹ്യമനുസരിച്ച് പരശുരാമൻമഴുവെറിഞ്ഞു സിന്ധു സമുദ്രത്തിൽ നിന്നും വീണ്ടെടുത്ത കന്യാകുമാരി മുതൽഗോകർണം വരെയുള്ള കര 64 ഗ്രാമങ്ങളായി വിഭജിച്ചു. 32 മലയാള ഗ്രാമങ്ങളും 32 തുളു ഗ്രാമങ്ങളും. അവസാന മലയാള ഗ്രാമം പയ്യന്നൂർആയിരുന്നു. ശ്രീ സുബ്രമണ്യസ്വാമി ക്ഷേത്രമായിരുന്നു പയ്യന്നുരിന്റെ ഗ്രാമക്ഷേത്രം. 
 "പയ്യന്നൂർ പെരുമാൾ" എന്ന പേരിലറിയപ്പെടുന്ന ഈ മുരുകന്‍റെ ക്ഷേത്രത്തെ കേരളത്തിലെ പഴനി ആയാണ് കണക്കാക്കപ്പെടുന്നത്.